Se apenas a primeira página está funcionando e o painel de controle, veja qual é a versão do Joomla pelo painel de controle, e baixe a mesma versão do site oficial do Joomla.

Depois envie o arquivo de instalação e descompacte na pasta public_html

Assim os arquivos danificados serão substituídos.

Renomeia a pasta installation e acesse seu site.

Agora os links deverão estar funcionando.